Ubuntu - Trabalhando com Diferentes versões do Java

Recentemente instalei no meu Ubuntu o Java 6 da Sun e estava trabalhando com ele faz algum tempo sem problemas.
Ontem resolvi testar o OpenJDK 6, que é o Java de código aberto que a Sun está liberando.
O detalhe foi que algumas das minhas aplicações deixaram de funcionar. Foi quando identifiquei que a máquina virtual que tinha ficado como padrão foi a última instalada, ou seja, o java de código aberto.
Percebi isso digitando no console o seguinte comando:
$ java -version
java version "1.6.0"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.6.0-b09)
OpenJDK Server VM (build 1.6.0-b09, mixed mode)

Reparem que retornou a informação do Java de código aberto.
Conferi o arquivo /usr/bin/java com ls -lh e percebi que estava linkado com o java da pasta /etc/alternatives:
$ ls -lh /usr/bin/java
lrwxrwxrwx 1 root root 22 2008-06-06 11:16 /usr/bin/java -> /etc/alternatives/java

Pesquisei no google, que me retornou este site e vi que para trocar de padrão de máquina virtual precisava rodar o comando abaixo para listar as opções disponíveis:
$ sudo update-alternatives --list java
/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/bin/java
/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/java

e para trocar:
$ sudo update-alternatives --config java

Existem 2 alternativas que fornecem `java'.

Seleção Alternativa
-----------------------------------------------
1 /usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/bin/java
*+ 2 /usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/java

Pressione enter para manter o padrão[*] ou digite o número da seleção: 1
Usando `/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/bin/java' para fornecer `java'.

selecionei a opção 1 e confirmei. Ao digitar java -version novamente recebi a informação de que o Java agora era o de código fechado da Sun:
$ java -version
java version "1.6.0_06"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_06-b02)
Java HotSpot(TM) Server VM (build 10.0-b22, mixed mode)

Testei minha aplicação java novamente e esta voltou a funcionar.